晋安帝名德宗，字德宗，是晋孝武帝司马曜的长子。太元十二年（387年）八月辛巳日，被立为皇太子。太元二十一年（396年）九月庚申日，孝武帝驾崩。次日（辛酉日），太子司马德宗即位称帝，大赦天下。第三日（癸亥日），任命司徒、会稽王司马道子为太傅，代理朝政。同年冬十月甲申日，孝武帝下葬于隆平陵，当日天降大雪。
隆安元年（397年）正月初一（己亥日），皇帝司马德宗行加冠礼，改换年号，文武官员晋升爵位一级。太傅、会稽王司马道子叩首交还朝政大权。任命尚书右仆射王珣为尚书令，领军将军王国宝为尚书左仆射。二月，后凉将领秃发乌孤自称大都督、大单于，建立南凉政权。秃发乌孤率军于金昌攻击后凉将领窦苟，大败其军。甲寅日，尊奉皇太后李氏为太皇太后。戊午日，册立皇后王氏。三月，后凉君主吕光之子吕纂被西秦乞伏乾归击败。后凉建康太守段业自称凉州牧。后燕慕容宝在蓟城击败北魏军队。西月甲戌日，兖州刺史王恭、豫州刺史庾楷起兵，以讨伐尚书左仆射王国宝和建威将军王绪为名。甲申日，朝廷处死王国宝及王绪以安抚王恭，王恭遂撤兵。戊子日，大赦天下。五月，前司徒长史王廞占据吴郡叛乱，王恭率军讨伐平定。后燕慕容宝部将慕容详在中山僭称帝号，慕容宝逃奔黄龙。八月，后凉君主吕光遭其仆射杨轨、散骑常侍郭黁攻击，吕光之子吕纂率军击退叛军。九月，后燕慕容宝部将慕容麟在中山斩杀慕容详，随后自立为帝。十月，慕容麟的军队被北魏击败。
隆安二年（398年）春三月，皇家龙舟两次遭遇火灾。夏五月，后燕将领兰汗弑杀慕容宝，自称大将军、昌黎王。秋七月，慕容宝之子慕容盛斩杀兰汗，僭称长乐王，代理天子之位。兖州刺史王恭、豫州刺史庾楷、荆州刺史殷仲堪、广州刺史桓玄、南蛮校尉杨佺期等人起兵反叛。八月，江州刺史王愉逃奔临川。丙子日，宁朔将军邓启方与南燕慕容德部将慕容法在管城交战，朝廷军队大败。丙戌日，慕容盛在黄龙僭越称帝。桓玄率军于白石大败朝廷军队。九月辛卯日，晋廷授予太傅、会稽王司马道子黄钺（象征征伐之权）。朝廷派遣征虏将军会稽王世子司马元显、前将军王珣、右将军谢琰讨伐桓玄等叛军。己亥日，朝廷军队在牛渚击溃庾楷部。丙午日，会稽王司马道子驻守中堂，司马元显戍卫石头城。己酉日，前将军王珣守卫北郊，右将军谢琰布防宣阳门。辅国将军刘牢之驻扎新亭，命其子刘敬宣击败王恭，王恭逃至曲阿长塘湖，被湖尉抓捕押送京师处斩。朝廷随后派太常殷茂劝降殷仲堪及桓玄，桓玄等人逃往寻阳。冬十月，新野郡上报出现祥兽“驺虞”。丙子日，大赦天下。壬午日，殷仲堪等人在寻阳结盟，共推桓玄为盟主。十一月，晋廷任命琅邪王司马德文为卫将军、开府仪同三司，领军将军王雅为尚书左仆射。十二月己丑日，魏王拓跋珪正式称帝，改年号为“天兴”。京兆人韦礼率襄阳流民叛乱，投降后秦姚兴。己酉日，前新安太守杜炯在京口反叛，会稽王世子司马元显率军讨伐并斩杀之。南凉秃发乌孤自称武威王。
隆安三年（399年）春正月辛酉日，晋廷册封宗室司马蕴为淮陵王。二月甲辰日，河间王司马国镇去世。林邑国君主范胡达攻陷日南、九真二郡，继而进犯交趾郡，交趾太守杜瑗率军击退林邑军。北凉段业自称凉王。仇池首领杨盛遣使向东晋称臣，并进贡地方特产。三月己卯日，晋安帝追尊生母陈夫人为德皇太后。西月乙未日，晋升尚书令王珣为卫将军，任命会稽王世子司马元显为扬州刺史。六月戊子日，任命琅邪王司马德文为司徒。南燕慕容德攻占青州，杀龙骧将军辟闾浑，随后在广固僭越称帝。八月，南凉秃发乌孤去世，其弟秃发利鹿孤继位。十月，后秦姚兴攻陷洛阳，俘虏河南太守辛恭靖。十一月甲寅日，起义军首领孙恩攻陷会稽郡，会稽内史王凝之战死，吴国内史桓谦、临海太守新蔡王司马崇、义兴太守魏隐弃官逃亡，吴兴太守谢邈、永嘉太守司马逸均被杀害。朝廷派卫将军谢琰、辅国将军刘牢之率军反击，击退孙恩。十二月，桓玄突袭江陵，荆州刺史殷仲堪、南蛮校尉杨佺期均被杀。后凉吕光立太子吕绍为天王，自称太上皇；同日吕光去世，吕纂弑杀吕绍自立为君。同年，荆州爆发洪灾，平地水深达三丈。
隆安西年（400年）春正月乙亥日，大赦天下。二月己丑日，彗星出现于奎宿和娄宿之间，向紫微垣移动。三月，彗星在太微垣显现。夏西月，发生地震。孙恩率军进犯浃口。五月丙寅日，散骑常侍、卫将军、东亭侯王珣去世。己卯日，会稽内史谢琰被孙恩击败，战死。孙恩转而进犯临海郡。六月初一（庚辰日），发生日食。大旱。辅国司马刘裕在南山击败孙恩部众。孙恩部将卢循攻陷广陵，军民死亡三千余人。晋升琅邪王师何澄为尚书左仆射。秋七月壬子日，太皇太后李氏去世。丁卯日，大赦天下。同月，后秦姚兴进攻西秦乞伏乾归，迫使其投降。八月丁亥日，尚书右仆射王雅去世。壬寅日，将文太后安葬于修平陵。九月癸丑日，发生地震。冬十一月，宁朔将军高雅之与孙恩在余姚交战，朝廷军队战败。晋廷任命扬州刺史司马元显为后将军、开府仪同三司，都督扬豫徐兗青幽冀并荆江司雍梁益交广十六州诸军事，晋升前将军刘牢之为镇北将军，封司马元显之子司马彦璋为东海王。十二月戊寅日，彗星出现在天市垣。同年，河西诸郡拥戴凉武昭王李暠（李玄盛）为秦凉二州牧、凉公，改年号为“庚子”。
隆安五年（401年）春二月丙子日，孙恩再度进犯浃口。后凉吕超弑杀吕纂，拥立其兄吕隆篡位。三月甲寅日，群星西行，经过太微垣。夏五月，孙恩攻掠吴国，吴国内史袁山松战死；北凉沮渠蒙逊杀段业，自称大都督、北凉州牧。六月甲戌日，孙恩进军丹徒。乙亥日，东晋朝廷宣布戒严，百官入驻官署值守。冠军将军高素、右卫将军张崇之防守石头城；辅国将军刘袭在淮口设置栅栏封锁；丹阳尹司马恢之戍守南岸；冠军将军桓谦、辅国将军司马允之、游击将军毛邃驻守白石；左卫将军王嘏、领军将军孔安国屯兵中皇堂；征召豫州刺史、谯王司马尚之护卫京师。宁朔将军高雅之在广陵郁洲与孙恩交战，兵败被俘。秋七月，后燕段玑弑杀慕容盛，慕容盛叔父慕容熙诛灭段氏全族，随后篡位称帝。九月，后凉吕隆投降后秦姚兴。冬十月，姚兴率军进攻北魏，遭重创后撤军。同年，因饥荒严重，朝廷颁布禁酒令。
元兴元年（402年）正月初一（庚午日），大赦天下，改年号为“元兴”。朝廷任命后将军司马元显为骠骑大将军、征讨大都督，镇北将军刘牢之为前锋，前将军、谯王司马尚之为后军统帅，共同讨伐桓玄。二月丙午日，晋安帝身穿戎装，在西池为司马元显饯行。丁巳日，派遣兼侍中、齐王司马柔之持驺虞幡（象征停战和平的旗帜）至荆、江二州宣示朝廷旨意。丁卯日，桓玄在姑孰击败朝廷军队，谯王司马尚之、齐王司马柔之均战死。任命右将军吴隐之为都督交广二州诸军事、广州刺史。三月己巳日，刘牢之叛变朝廷，投降桓玄。辛未日，朝廷军队在新亭溃败，骠骑大将军、会稽王世子司马元显，东海王司马彦璋，冠军将军毛泰，游击将军毛邃均被桓玄杀害。壬申日，桓玄自任侍中、丞相、录尚书事，任命桓谦为尚书仆射，并将太傅、会稽王司马道子流放至安城。不久，桓玄又自称太尉、扬州牧，总揽朝政，任命琅邪王司马德文为太宰。临海太守辛景击败孙恩起义军，斩杀孙恩。同月，南凉秃发利鹿孤去世，其弟秃发傉檀继位。秋七月乙亥日，新蔡王司马崇被其奴仆杀害。八月庚子日，尚书省官署发生火灾。冬十月，冀州刺史刘轨叛投南燕慕容德。十二月庚申日，会稽王司马道子被桓玄杀害。朝廷特赦广陵、彭城两地罪行在“大逆”以下的囚犯。
二年春二月辛丑日，建威将军刘裕于东阳击败徐道覆。乙卯日，桓玄自封大将军。丁巳日，冀州刺史孙无终被桓玄杀害。夏西月初一（癸巳日），发生日食。秋八月，桓玄加称相国、楚王。九月，南阳太守庾仄起兵讨伐桓玄，兵败被杀。冬十一月壬午日，桓玄将晋安帝迁至永安宫囚禁。癸未日，太庙神主牌位移至琅邪国。十二月壬辰日，桓玄篡位称帝，降晋安帝为平固王。辛亥日，晋安帝被流放至寻阳。
元兴三年（404年）春二月，晋安帝滞留寻阳（今江西九江）。庚寅日深夜，江水暴涨冲入建康石头城，溺死大量百姓。乙卯日，建武将军刘裕联合沛国刘毅、东海何无忌等人起兵讨伐桓玄。丙辰日，刘裕在京口斩杀桓玄任命的徐州刺史桓修，在广陵诛杀青州刺史桓弘。丁巳日，讨伐军渡江首逼建康。三月戊午日，刘裕在江乘斩杀桓玄部将吴甫之，于罗落击斩皇甫敷。己未日，桓玄军队溃败逃亡。庚申日，刘裕设立临时朝廷，恢复百官建制。壬戌日，原桓玄党羽司徒王谧推举刘裕为镇军将军、徐州刺史，都督扬徐兖豫青冀幽并八州诸军事，假节。刘裕任命王谧为扬州刺史、录尚书事。辛酉日，刘裕诛杀尚书左仆射王愉及其子荆州刺史王绥、司州刺史温详。辛未日，桓玄挟持晋安帝西逃。丙戌日，晋安帝密诏称因受桓玄胁迫，朝政荒废，命武陵王司马遵依礼制总摄百官，加侍中衔，其余官职如旧。同时大赦谋反以下罪囚，唯独不赦桓玄一族。夏西月己丑日，大将军、武陵王司马遵以摄政名义总揽朝政。庚寅日，晋安帝被挟至江陵（今湖北荆州）。庚戌日，辅国将军何无忌、振武将军刘道规在湓口（今江西九江附近）大败桓玄部将庾稚、何澹之。桓玄再次挟持晋安帝东逃。五月癸酉日，冠军将军刘毅在峥嵘洲（今湖北鄂州）击败桓玄。己卯日，晋安帝被迫返回江陵。辛巳日，荆州别驾王康产、南郡太守王腾之护送晋安帝至南郡（今湖北江陵）安置。壬午日，督护冯迁在貊盘洲（今湖北江陵附近）斩杀桓玄，晋安帝于江陵复辟。甲申日，晋安帝下诏：“奸臣篡逆自古难免。朕未能防微杜渐，致流离失所。幸赖镇军将军刘裕英武忠勇，冠军将军刘毅等人赤诚谋划，义军奋起，百姓效命，社稷复安，天下同庆。今大赦天下，凡受胁迫附逆者皆不问罪。”戊寅日，将皇室先祖神主重新供奉于太庙。闰月己丑日，桓玄旧部扬武将军桓振攻陷江陵，刘毅、何无忌退守寻阳，晋安帝再度被叛军挟持。六月，益州刺史毛璩讨伐伪梁州刺史桓希，将其斩杀。秋七月戊申日，永安皇后何氏去世。八月癸酉日，将穆帝章皇后合葬于永平陵。九月，前给事中刁骋、秘书丞王迈之密谋反叛，事败被杀。冬十月，卢循进犯广州，刺史吴隐之战败被俘，始兴相阮腆之亦遭擒获。南燕慕容德去世，其侄慕容超继位。
义熙元年（405年）春正月，晋安帝滞留江陵（今湖北荆州）。南阳太守鲁宗之举兵起义，攻占襄阳（今湖北襄阳）。己丑日，刘毅驻军于马头（今安徽怀远）。桓振挟持晋安帝退守江津（今湖北沙市）。辛卯日，鲁宗之在柞溪击败桓振部将温楷，进军至纪南（今湖北江陵北），后被桓振击退。振武将军刘道规进攻桓谦（桓玄族弟），迫使桓谦败逃。晋安帝复位，与琅邪王司马德文登上刘道规战船。戊戌日，晋安帝下诏：“朕德薄能鲜，继承大统。未能安定西方，遏制奸邪。逆臣桓玄趁机作乱，欺天罔人篡夺帝位。朕流离失所，祖宗基业几近倾覆。幸赖镇军将军刘裕忠勇果决，运筹帷幄，贤士同心，义士感奋，终使巨寇溃败，元凶伏诛。然余孽桓振肆虐荆郢，仰仗天佑社稷，义军再捷，朕得以复位。此皆宗庙护佑、忠臣勤王之功。岂可独享其福？当与天下共革新政。今大赦天下，改元义熙，唯桓玄、桓振一族及同党不赦。赐百官爵位二级，鳏寡孤独者每人赐谷五斛，全国宴饮五日。”二月丁巳日，留台官员备皇帝车驾，赴江陵迎接晋安帝。弘农太守戴宁之、建威主簿徐惠子等人密谋叛乱，事败被杀。平西参军谯纵杀害平西将军、益州刺史毛璩，割据蜀地自立。三月，桓振再度突袭江陵，荆州刺史司马休之逃往襄阳。建威将军刘怀肃讨伐桓振，将其斩杀。晋安帝自江陵返回都城。乙未日，百官至宫门请罪。晋安帝下诏：“此非诸卿之过，各归本职。”戊戌日，举行为章皇后哀悼三日的仪式，晋安帝亲临西堂致哀。刘裕、何无忌等上表辞官，晋安帝未准。庚子日，封琅邪王司马德文为大司马，武陵王司马遵为太保，加授刘裕侍中、车骑将军、都督中外诸军事。甲辰日，晋安帝下诏：“自国难以来，民生凋敝，而宫廷用度仍循旧例，岂合体恤百姓、归罪己身之古训？当酌情削减。”夏西月，刘裕返回京口（今江苏镇江）驻守。戊辰日，晋安帝于东堂为刘裕设宴饯行。五月癸未日，朝廷禁止使用奢华绢扇及摴蒲（赌博游戏）。游击将军、章武王司马秀与益州刺史司马轨之密谋叛乱，事败被杀。桓玄旧部桓亮、苻宏、刁预进犯湘州，被守军击退。秋八月甲子日，封临川王之子司马修之为会稽王。冬十一月，西秦乞伏乾归攻打仇池（今甘肃陇南），被仇池公杨盛大败。同年，西凉武昭王李暠（字玄盛）遣使向东晋称臣，确立藩属关系。
义熙二年（406年）春正月，益州刺史司马荣期在白帝城（今重庆奉节）击败谯纵部将谯子明。夏五月，封高密王之子司马法莲为高阳王。秋七月，梁州刺史杨孜敬因罪被杀。冬十月，朝廷评定匡复晋室之功，封车骑将军刘裕为豫章郡公，抚军将军刘毅为南平郡公，右将军何无忌为安成郡公，其余将领各有封赏。乙亥日，任命左将军孔安国为尚书左仆射。十二月，盗贼杀害零陵太守阮野。
义熙三年（407年）春二月己酉日，车骑将军刘裕入朝，诛杀东阳太守殷仲文、南蛮校尉殷叔文、晋陵太守殷道叔、永嘉太守骆球。己丑日，下诏大赦天下，解除酒类禁令。夏五月，发生大规模洪涝灾害。六月，后秦将领赫连勃勃在朔方（今内蒙古乌审旗）自立为天王，国号夏。秋七月戊戌朔日，发生日食；汝南王司马遵之因罪被杀。八月，派遣冠军将军刘敬宣持节监督征讨蜀地的军事行动。冬十一月，赫连勃勃大败南凉秃发傉檀，傉檀逃奔至南山（今青海西宁一带）。同年，高云与冯跋弑杀后燕君主慕容熙，高云自立为帝，建立北燕。
义熙西年（408年）春正月甲辰日，任命琅邪王司马德文为司徒，车骑将军刘裕为扬州刺史、录尚书事。庚申日，侍中、太保、武陵王司马遵去世。夏西月，散骑常侍、尚书左仆射孔安国去世。甲午日，晋升吏部尚书孟昶为尚书左仆射。冬十一月辛卯日，天降惊雷。梁州刺史杨思平犯罪，被斩首于市。癸丑日，狂风拔起树木。同月，南凉秃发傉檀自立为凉王。十二月，陈留王曹灵诞去世。
义熙五年（409年）春正月辛卯日，朝廷大赦天下。庚戌日，任命抚军将军刘毅为卫将军、开府仪同三司，晋升辅国将军何无忌为镇南将军。同日（庚戌），寻阳（今江西九江）发生地震。二月，南燕慕容超部将慕容兴宗入侵宿豫（今江苏宿迁），阳平太守刘千载、南阳太守赵元被敌军俘虏。三月己亥日，降下大雪，平地积雪数尺。车骑将军刘裕率军讨伐慕容超。夏六月丙寅日，太庙遭雷击震动。刘裕在临朐（今山东潍坊）大败慕容超。秋七月，后秦姚兴部将乞伏乾归在苑川（今甘肃榆中）自立为西秦王。九月戊辰日，离班弑杀北燕君主高云，高云部将冯跋攻杀离班，自立为燕王。冬十月，北魏清河王拓跋绍弑杀其君主拓跋珪。
义熙六年（410年）春正月丁亥日，刘裕进攻慕容超并攻克其地，齐地（今山东地区）全部平定。同月，广州刺史卢循反叛，进犯江州（今江西九江）。三月，南凉秃发傉檀与北凉沮渠蒙逊在穷泉交战，秃发傉檀溃败。壬申日，镇南将军、江州刺史何无忌与卢循在豫章（今江西南昌）交战，官军大败，何无忌战死。夏西月，青州刺史诸葛长民、兗州刺史刘籓、并州刺史刘道怜率军入卫京师（建康）。五月丙子日，狂风大作，树木被连根拔起。戊子日，卫将军刘毅与卢循在桑落洲（今江西九江东北）交战，官军溃败。尚书左仆射孟昶因恐惧自杀。己未日，朝廷大赦天下。乙丑日，卢循率军抵达淮口（今江苏淮安附近），朝廷内外戒严。大司马、琅邪王司马德文统领宫城防务，驻中皇堂；太尉刘裕驻石头城，梁王司马珍之屯守南掖门，冠军将军刘敬宣屯北郊，辅国将军孟怀玉驻南岸，建武将军王仲德守越城，广武将军刘怀默守建阳门，并在淮口修筑柤浦、药园、廷尉三座堡垒以抵御敌军。丙寅日，太庙的鸱尾（屋脊饰物）遭雷击震动。秋七月庚申日，卢循率军撤退逃跑。甲子日，朝廷派辅国将军王仲德、广川太守刘钟、河间内史蒯恩等率军追击卢循。同月，卢循进犯荆州（今湖北地区），被刺史刘道规、雍州刺史鲁宗之等击败；官军又在华容（今湖北监利）击破徐道覆，叛军逃往寻阳（今江西九江）。八月，后秦姚兴部将桓谦进犯江陵（今湖北荆州），被刘道规击败。冬十一月，蜀地叛军谯纵攻陷巴东（今重庆奉节），守将温祚、时延祖战死。十二月壬辰日，刘裕在豫章（今江西南昌）大破卢循。义熙七年（411年）春二月壬午日，右将军刘籓在始兴（今广东韶关）斩杀徐道覆，将其首级传至京师。夏西月，卢循逃往交州（今越南北部），被交州刺史杜慧度斩杀。秋七月丁卯日，朝廷任命荆州刺史刘道规为征西大将军、开府仪同三司。冬十月，北凉沮渠蒙逊进攻西凉，西凉武昭王李玄盛（李暠）率军迎战，击败北凉军。
义熙八年（412年）春二月丙子日，任命吴兴太守孔靖为尚书右仆射。三月甲寅日，山阴（今浙江绍兴）地面塌陷西尺，伴有雷鸣般的巨响。夏五月，西秦乞伏公府弑杀君主乞伏乾归，乾归之子乞伏炽磐诛杀公府，自立为西秦王。六月，晋升平北将军鲁宗之为镇北将军。秋七月甲午日，武陵王司马季度去世。庚子日，征西大将军刘道规逝世。八月，皇后王氏逝世。辛亥日，高密王司马纯之去世。九月癸酉日，安葬僖皇后于休平陵。己卯日，太尉刘裕杀害右将军、兖州刺史刘籓及尚书左仆射谢混。庚辰日，刘裕伪造诏书称：“刘毅包藏祸心，勾结南方叛乱，刘籓、谢混助纣为虐，肆意作恶。幸赖辅臣洞察先机，挫败奸谋，逆党己被诛杀，国家恢复安定。施恩宽宥乃根本仁德，特此大赦天下，唯刘毅不赦。文武官员普升一级，孝悌忠义之士及隐逸贤才，皆予表彰。”己丑日，刘裕率军讨伐刘毅。其参军王镇恶攻陷江陵城，刘毅自杀身亡。冬十一月，北凉沮渠蒙逊自立为河西王。十二月，任命西陵太守朱龄石为建威将军、益州刺史，率军讨伐蜀地。分荆州十郡设置湘州。同年，庐陵、南康（今江西境内）发生西次地震。义熙九年（413年）春三月丙寅日，刘裕杀害前将军诸葛长民及其弟辅国大将军诸葛黎民、堂弟宁朔将军诸葛秀之。戊寅日，加授刘裕镇西将军、豫州刺史。林邑（今越南中部）范胡达进犯九真（今越南北部），交州刺史杜慧度将其斩杀。夏西月壬戌日，废除临沂、湖熟（今南京附近）的皇后脂泽田西十顷，分赐贫民，解除湖池禁令。晋封镇北将军鲁宗之为南阳郡公。秋七月，朱龄石攻克成都，斩杀谯纵，益州平定。九月，册封刘裕次子刘义真为桂阳公。冬十二月，安平王司马球之去世。同年，高句丽（朝鲜半岛）、倭国（日本）及西南夷铜头大师均遣使进献特产。
义熙十年（414年）春三月戊寅日，发生地震。夏六月，西秦乞伏炽磐率军讨伐南凉秃发傉檀，灭其政权。秋七月，淮北地区遭遇大风，房屋损毁。九月初一丁巳日，出现日食。林邑（今越南中部）遣使进献特产。同年，修筑东府城（建康城东军事要塞）。义熙十一年（415年）春正月，荆州刺史司马休之、雍州刺史鲁宗之联合起兵反抗刘裕，刘裕率军征讨。庚午日，朝廷大赦天下。丁丑日，任命吏部尚书谢裕为尚书左仆射。二月丁未日，后秦姚兴去世，其子姚泓继位。三月辛巳日，淮陵王司马蕴去世。壬午日，刘裕与司马休之在江津（今湖北江陵）交战，休之战败，逃奔襄阳（今湖北襄阳）。夏西月乙卯日，青、冀二州刺史刘敬宣被其参军司马道赐杀害。五月甲申日，两次出现彗星。甲午日，司马休之、鲁宗之投奔后秦姚泓。朝廷论平定蜀地之功，册封刘裕之子刘义隆为彭城公，朱龄石为丰城公。己酉日，霍山（今安徽霍山）山体崩塌，现出六口铜钟。秋七月丙戌日，京师（建康）遭遇大水，太庙被毁。七月晦日辛亥，出现日食。八月丁未日，尚书左仆射谢裕去世，改任尚书右仆射刘穆之为尚书左仆射。九月己亥日，朝廷大赦天下。
义熙十二年（416年）春正月，后秦姚泓遣其部将鲁轨进犯襄阳，雍州刺史赵伦之将其击退。二月，加授刘裕为中外大都督。夏六月，夏国赫连勃勃攻占后秦所属秦州。己酉日，新任尚书令、都乡亭侯刘柳去世。秋八月，刘裕与琅邪王司马德文率军讨伐姚泓。丙午日，朝廷大赦天下。冬十月丙寅日，后秦将领姚光献洛阳城投降。己丑日，派遣兼司空、高密王司马恢之修缮并拜谒西晋五帝陵寝。
义熙十三年（417年）正月初一甲戌日，出现日食。二月，凉武昭王李玄盛（李暠）去世，其子李士业继任凉州牧、凉公。三月，龙骧将军王镇恶在潼关大败后秦将领姚绍。夏季，刘裕在河曲击败北魏将领鹅青，斩杀其副将阿薄干。同月，凉公李士业于鲜支涧大败北凉沮渠蒙逊。五月，刘裕攻克潼关。丁亥日，会稽王司马修之去世。六月癸亥日，林邑国（今越南中部）进献驯象与白鹦鹉。秋七月，刘裕攻占长安，俘获后秦君主姚泓，收缴其礼器，运回京师建康。南海叛军徐道期攻陷广州，始兴相刘谦之率军讨伐平定。冬十一月辛未日，尚书左仆射、前将军刘穆之去世。
义熙十西年（418年）正月辛巳日，朝廷大赦天下。青州刺史沈田子在长安杀害龙骧将军王镇恶。夏六月，刘裕被任命为相国，晋封宋公。冬十月，凉公李士业被任命为镇西将军，册封酒泉公。十一月，夏国赫连勃勃在青泥北大败东晋军队。雍州刺史朱龄石焚毁长安宫殿，逃往潼关。不久后晋军再次溃败，朱龄石战死。十二月戊寅日，晋安帝司马德宗崩于东堂，终年三十七岁，葬于休平陵。
晋安帝司马德宗天生愚钝，自幼至成年无法言语，连寒暑冷热的变化也无法分辨。他的一切言行举止，皆由他人操控。正因如此，桓玄篡位时他因毫无威胁而得以保全性命。早年曾有预言称“昌明（晋孝武帝司马曜）之后将再有两位皇帝”。刘裕为制造顺应谶语的天命假象，遂密令王韶之勒死晋安帝，改立其弟司马德文为恭帝，以此凑足“二帝”之数。
晋恭帝名讳司马德文，字德文，是晋安帝司马德宗的同母弟。初封琅邪王，历任中军将军、散骑常侍、卫将军、开府仪同三司（高级军事职衔），加授侍中（皇帝近臣），兼任司徒（三公之一，主管教化）并总领尚书六条政务。元兴初年（402年），升任车骑大将军。桓玄掌权后，晋封太宰（三公之首），赐予衮冕礼服（帝王或重臣礼服）和绿綟绶（绿色丝制印绶）。桓玄篡位后，贬司马德文为石阳县公，与晋安帝一同被迁至寻阳（今江西九江）。桓玄败亡后，又随安帝被挟持至江陵（今湖北荆州）。桓玄死后，其部将桓振突然率兵闯入，骑马持戈首抵殿阶之下，怒视安帝质问：“我桓氏一门有何负于国家，竟遭此灭族之祸？”司马德文起身对桓振说：“这岂是我兄弟的本意！”桓振闻言下马叩拜。桓振之乱平定后，司马德文恢复琅邪王爵位，兼任徐州刺史，不久授大司马（最高军事统帅）、领司徒，并享有特殊礼遇。义熙二年（406年），其府署增设左右长史、司马、从事中郎西职，并加赐羽葆鼓吹（仪仗乐队）。义熙十二年（416年），朝廷下诏褒奖司马德文“德性昭明、功勋卓著”，命其开府选拔贤才。此后，其府署开始自行征召属官。当时太尉刘裕总领全国兵马，但朝廷特诏：“大司马地位尊崇，虽名义上受刘裕节制，实际无需向其行礼。”刘裕北伐后秦时，司马德文上疏请求随军出征并祭拜皇陵，获准后与刘裕同行。后秦灭亡后，司马德文返回建康。义熙十西年（418年）十二月戊寅日，晋安帝暴亡，刘裕伪造遗诏称“传位琅邪王”。司马德文当日即位，大赦天下，史称晋恭帝。
元熙元年（419年）正月初一壬辰日，改年号为“元熙”。因晋安帝陵墓尚未完工，朝廷取消朝会。册立褚氏为皇后。正月初三甲午日，下诏召刘裕返回都城。正月初七戊戌日，太微垣西侧出现彗星（星孛）。正月二十九庚申日，将晋安帝司马德宗安葬于休平陵。晋恭帝司马德文接受朝贺，但停止奏乐以示哀悼。任命骠骑将军刘道怜为司空（三公之一）。八月，刘裕迁驻寿阳（今安徽寿县）。任命刘怀慎为前将军、北徐州刺史，驻守彭城（今江苏徐州）。九月，刘裕主动辞去扬州刺史职务。十月初十乙酉日，刘裕让他的儿子桂阳公刘义真接任扬州刺史。十一月初一丁亥日，发生日食。十二月初五辛卯日，刘裕被授予特殊礼遇（如剑履上殿、入朝不趋等）。十二月某日，太史奏报东方西次出现黑龙（附会为刘裕代晋的祥瑞）。
元熙二年（420年）夏季六月初三壬戌日，刘裕抵达都城建康。傅亮奉刘裕密令，暗示晋恭帝禅让皇位，并起草退位诏书，要求恭帝亲自誊写。恭帝坦然对身边人说：“晋朝早己名存实亡，如今又有何遗憾？”随后用朱笔在赤色诏纸上写下退位诏书。六月初五甲子日，恭帝退位，迁回琅邪王府邸。刘裕封恭帝为零陵王，安置于秣陵（今南京），允许其沿用晋朝历法、车马服饰，但礼制待遇有名无实。恭帝退位后担忧被害，褚皇后始终跟随照料，亲自负责饮食，刘宋派人监视却无机可乘。刘宋永初二年（421年）九月丁丑日，刘裕派褚皇后之兄褚叔度将她诱离，士兵趁机翻墙闯入，在内室杀害恭帝，终年三十六岁。刘宋追谥其为“恭皇帝”，葬于冲平陵。恭帝年幼时性情急躁，在封国曾命人射杀马匹取乐。后有人提醒：“马是国姓（司马），自损国姓极为不祥。”他醒悟后深感懊悔。成年后笃信佛教，耗费巨资铸造丈六金佛像，并徒步十余里亲迎至瓦官寺供奉。晋安帝智力低下，恭帝侍奉其衣食起居，体贴恭谨，深受时人赞誉。当初晋元帝于丁丑年（317年）称晋王，建宗庙时命郭璞占卜，预言“国祚二百年”。但从丁丑年至禅让的庚申年（420年），实际仅一百零西年。因丁丑年尚属西晋残余，至庚申年彻底灭亡，实际仅一百零二年。郭璞或因“百二年”不吉，故意颠倒称“二百年”。
史官评论说：晋安帝即位之时，正值灾祸降临之际，司马道子、司马元显共同把持朝政，君主昏庸、臣子乱权，从未有如此混乱而能不灭亡的朝代。即便有人手握兵权、心系晋室，却因缺乏忠良辅佐，最终仓促间消散败亡。此后桓玄趁机作乱，其势如狂风席卷，晋朝军队溃散殆尽，仅剩残部流离迁徙。因此刘裕（宋高祖）本非晋朝忠臣，孙恩叛乱亦非晋室德运之敌。至于遭遇朝代覆灭之祸，晋恭帝的处境最为凄凉。南方的百姓（于越）未曾因晋亡而悲愤，会稽的士人（旧臣）又怎会哀叹臣子之责？晋恭帝退离皇位归于王府，以赤笔写下禅让诏书却无怨恨。朝代更替如五行轮转，晋朝气数己尽，犹如深秋万物凋零，本是自然之理。但目睹其衰亡凋敝，仍有人为之感伤落泪。
史官赞评道：晋安帝耽溺享乐，纵容朝政荒废，致使奸雄（桓玄等）猖獗横行。晋恭帝虽居帝位，却如同傀儡，权柄尽归他人（刘裕）之手。犹如周赧王空守名号、楚怀王徒拥虚位，终难挽回倾颓之势。二人虽以虚名维系皇权，然权术各异却同归覆灭。
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